বাংলাদেশের শিক্ষার্থীদের গাণিতিক মেধার উৎকর্ষ সাধন এবং দেশের শিক্ষার্থীদের আন্তর্জাতিক গণিত অলিম্পিয়াডে প্রেরণের ব্যবস্থা গ্রহণ-এই দুই উদ্দেশ্যকে সামনে রেখে গণিত অলিম্পিয়াড কার্যক্রমের সূচনা। ২০০১ সালের এপ্রিল মাসে শাহজালাল বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক ড. মুহাম্মদ জাফর ইকবাল ও বাংলাদেশ প্রকৌশল বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক ড. মোহাম্মদ কায়কোবাদ দৈনিক প্রথম আলো’র সম্পাদক মতিউর রহমানের সঙ্গে সাক্ষাৎ করেন। তাঁরা দৈনিক প্রথম আলোর পাতাতে একটি গণিত অলিম্পিয়াড আয়োজন করার প্রস্তাব করেন। প্রথম আলোর সম্পাদক সম্মতি দিলে এই কার্যক্রম শুরু হয়। আমেরিকান ইন্টারন্যাশনাল বাংলাদেশ লিঃ নামক রেডিক্যাশ কার্ডের স্বত্ত্বাধিকারী প্রতিষ্ঠান এই কর্মকান্ডকে পৃষ্ঠপোষকতা প্রদানে সম্মত হয়।
২০০১ সালের ১৭ জুন প্রথম আলোর বিজ্ঞান বিষয়ক সাপ্তাহিক আয়োজন বিজ্ঞান প্রজন্ম পাতায় আনুষ্ঠানিক ভাবে শুরু হয় নিউরনে অনুরণন - প্রথম আলো রেডিক্যাশ গণিত অলিম্পিয়াড। অধ্যাপক ড. মুহাম্মদ জাফর ইকবাল ও অধ্যাপক ড. মোহাম্মদ কায়কোবাদ নিউরনে অনুরণন পরিচালনার দায়িত্ব নেন। সামগ্রিক তত্ত্বাবধায়নের দায়িত্ব বর্তায় মুনির হাসানের ওপর। সেই থেকে প্রথম আলোর বিজ্ঞান প্রজন্ম পাতায় প্রতি সপ্তাহে পাঁচটি করে গণিতের সমস্যা ছাপা হয়। সমস্যাগুলোর সঠিক সমাধান কখনো প্রকাশ করা হয় না। দেশের বিভিন্ন অঞ্চল থেকে অংশগ্রহণকারীরা তাদের সমাধান প্রথম আলো কার্যালয়ে পাঠিয়ে দেন। নিউরনে অনুরণন থেকে জানানো হয় যে, সমাধান সঠিক হয়েছে কী না। এই জন্য প্রথম আলো কার্যালয়ে একজন সমম্বয়কারী কাজ করেন। তিনি শিক্ষার্থীদের পাঠানো সমাধান মিলিয়ে দেখেন এবং তা সঠিক কীনা যাচাই করে সমাধানকারীকে পোস্টকার্ডের মাধ্যমে জানিয়ে দেন। তাছাড়া সকল সমাধানকারীদের একটি ডেটাবেসও রক্ষণাবেক্ষণ করা হয়। ইতিমধ্যে এ কার্যক্রমে প্রকাশিত ৪০০টি গানিতিক সমস্যা পুস্তিকা আকারে প্রকাশিত হয়েছে।
এই কার্যক্রমের কিছুটা বিকাশের পর আঞ্চলিক পর্যায়ে গণিত অলিম্পিয়াডের আয়োজন করা হয়। ২০০২ সালের ২৬ জানুয়ারী ঢাকায়, ১৫ ফেব্রুয়ারী নারায়ণগঞ্জে এবং ১৯ এপ্রিল রাজবাড়ী জেলাতে আঞ্চলিক গণিত অলিম্পিয়াডের আয়োজন করা হয়। প্রতিটি আঞ্চলিক অলিম্পিয়াডেই আশাতীত সাড়া পাওয়া যায়। দেশের বরেণ্য গণিতবিদদের অনেকেই এই অলিম্পিয়াডসমহে যোগ দেন। গণিতবিদদের মধ্যে ছিলেন খুলনা থেকে অধ্যাপক হারুন-অর-রশীদ, রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের গণিত বিভাগের অধ্যাপক ড. সুব্রত মজুমদার, শাহজালাল বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক গৌরাঙ্গ দেব রায়, ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক ও বাংলাদেশ গণিত সমিতির সভাপতি ডঃ মুনিবুর রহমান চৌধুরী এবং ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের গণিত বিভাগের অধ্যাপক ড. আনোয়ার হোসেন। ২৬ জানুয়ারী ঢাকার মিনি অলিম্পিয়াডে অধ্যাপক গৌরাঙ্গ দেব রায় ২০০২ সালের জাতীয় গণিত অলিম্পিয়াড সিলেটে অনুষ্ঠানের ঘোষণা দেন। বাংলাদেশ গণিত সমিতি প্রতি দু’বছর অন্তর একটি আন্তর্জাতিক গণিত সম্মেলন করে থাকে। ২০০২ সালের সম্মেলনটি সিলেটে শাহজালাল বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়-তে অনুষ্ঠিত হওয়ার কথা থাকায় একই সময়ে গণিত অলিম্পিয়াডের আয়োজনের সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়।